常見(jiàn)問(wèn)題
凈肽含量和肽純度是不同的概念。凈肽含量是肽相對(duì)于非肽、大多數(shù)平衡離子和水的百分比。典型地，即使在嚴(yán)格的凍干條件下，親水性肽也吸收小分子的水。凈肽含量從一個(gè)純化和凍干步驟到下一個(gè)步驟變化，并且從一種鹽類型到另一種鹽類型變化很大。凈肽含量可以通過(guò)氨基酸分析來(lái)確定。
肽的純度通過(guò)使用HPLC測(cè)量靶肽中肽鍵的UV吸收來(lái)確定; 水和殘留鹽不通過(guò)UV檢測(cè)器測(cè)量。主要雜質(zhì)包括: 殘留序列肽 (具有比目標(biāo)肽少的一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基的短肽) 、截短序列 (通過(guò)防止殘留序列肽加帽的產(chǎn)生而產(chǎn)生的肽) 和不完全去保護(hù)的肽 (在合成或最終切割期間產(chǎn)生的肽)。
在使用肽的研究和開(kāi)發(fā)中，應(yīng)該選擇多少純度，使用更高純度的肽更好嗎？
一般來(lái)說(shuō)，相同序列和數(shù)量的肽的價(jià)格會(huì)有所不同，因?yàn)樗募兌龋兌仍礁撸繂挝毁|(zhì)量的肽的價(jià)格就越高。
我們可以提供不同的純度等級(jí)供客戶選擇，從粗到> 98% 純度。我們可以根據(jù)客戶的需要提供純度> 98% 的超純肽。
不建議將粗肽用于生物實(shí)驗(yàn)。粗肽可能含有大量的非肽雜質(zhì)，例如殘留的有機(jī)溶劑、清除劑、TFA和其它不完全的肽，TFA不能被完全消除，并且肽通常作為TFA鹽遞送。如果殘留的TFA干擾您的實(shí)驗(yàn)，我們建議其他鹽形式，如乙酸鹽和鹽酸鹽 (參見(jiàn): 我們可以提供的鹽類型的鏈接)。這些鹽通常比常規(guī)TFA鹽貴20 30% 以上。這是由于在轉(zhuǎn)化過(guò)程中發(fā)生更多的肽損失并且需要更多的原料。
我們建議為各種程序提供以下級(jí)別的肽純度:
細(xì)度 | 用法 |
70% ~ 79% | 肽微陣列 作為抗體制備的抗原 色譜法 酶聯(lián)免疫吸附法檢測(cè)抗血清效價(jià) |
80 ~ 94% | 免疫印跡 (非定量) 酶底物肽 (非定量) 膠囊化肽 (非定量) 親和純化 磷酸化檢測(cè) 蛋白質(zhì)電泳應(yīng)用和免疫細(xì)胞化學(xué) |
95 ~ 97% | 標(biāo)準(zhǔn)ELISA和RIA (定量) 受體-配體相互作用 (定量) 體內(nèi)和體外生物測(cè)定 酶研究和阻斷測(cè)定 (定量) NMR研究 質(zhì)譜 其他定量分析 |
≥ 98% | SAR研究 臨床試驗(yàn) API (Active Pharmaceutical Ingredients) 參考標(biāo)準(zhǔn)和標(biāo)準(zhǔn)曲線 X射線晶體研究 其他敏感實(shí)驗(yàn): 酶-底物，受體-配體相互作用，阻斷和競(jìng)爭(zhēng)實(shí)驗(yàn) |
對(duì)于篩選的肽序列，可以通過(guò)以下方式將它們篩選為更多的活性肽序列: 隨機(jī)肽文庫(kù)的多位點(diǎn)掃描，以及肽序列的優(yōu)化。
單站點(diǎn)掃描矩陣的設(shè)計(jì)相對(duì)簡(jiǎn)單。肽的選定區(qū)域或位點(diǎn)被其他氨基酸系統(tǒng)地替換，并且這樣的肽文庫(kù)幫助研究人員發(fā)現(xiàn)在特定位置具有特定作用或活性的特定區(qū)域。
多位點(diǎn)掃描隨機(jī)化肽文庫(kù)是相對(duì)復(fù)雜的。該文庫(kù)被設(shè)計(jì)為通過(guò)shot彈槍方法同時(shí)且隨機(jī)地用20種天然氨基酸替換選定的氨基酸殘基。肽文庫(kù)在選擇的氨基酸中構(gòu)建盡可能多的突變。可以篩選具有增強(qiáng)活性的肽序列的此類文庫(kù)。用該方法設(shè)計(jì)的肽庫(kù)庫(kù)規(guī)模大，篩選工作量大，文庫(kù)規(guī)模為8,000序列，可同時(shí)進(jìn)行三個(gè)位點(diǎn)篩選。使用peptidegoTM專有的組合化學(xué)策略，可以大大減少合成肽的數(shù)量和篩選工作量，并可以減少篩選工作量和肽生產(chǎn)成本，以800肽進(jìn)行三地篩選。peptidegoTM專有的組合化學(xué)策略可以同時(shí)掃描更多的位點(diǎn)。
小分子活性肽作為疫苗、診斷試劑、藥物和藥物先導(dǎo)化合物已成為藥物研究領(lǐng)域的新趨勢(shì)。小分子活性肽的篩選方法有多種: 基于噬菌體展示肽庫(kù)、隨機(jī)合成肽庫(kù)、反義肽庫(kù)、蛋白質(zhì)降解 (酶、化學(xué)) 、MHC-肽復(fù)合物、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)。
噬菌體展示肽庫(kù)篩選是一種比較成熟的篩選方法。通過(guò)3輪篩選，可以獲得更理想的菌株，并通過(guò)DNA測(cè)序推斷其表達(dá)的小分子肽序列，然后通過(guò)定向合成驗(yàn)證小分子肽的生物活性。缺點(diǎn)是文庫(kù)的多樣性容易受到多種因素的影響，得到的是親和力較低的小分子肽。
隨機(jī)肽庫(kù)可根據(jù)客戶需求合成，通常生產(chǎn)周期短，庫(kù)容量大，含10個(gè)氨基酸的肽庫(kù)庫(kù)容量可達(dá)1012。通常，隨機(jī)肽文庫(kù)可以通過(guò)兩種合成方法合成: 拆分和混合以及氨基酸預(yù)混合。通過(guò)拆分和混合方法獲得的肽庫(kù)具有更一致的不同序列的含量，并且每個(gè)樹(shù)脂球僅包含一個(gè)肽。通過(guò)氨基酸預(yù)混合法獲得的肽文庫(kù)含有多種序列，這可能導(dǎo)致篩選失敗。由于文庫(kù)太大，因此篩選出的活性肽的結(jié)構(gòu)表征是一項(xiàng)非常具有挑戰(zhàn)性的任務(wù)。
反義肽庫(kù)篩選，反義肽庫(kù)是根據(jù)生物學(xué)原理設(shè)計(jì)的肽庫(kù)，具有較高的篩選成功率，但需要確定目標(biāo)蛋白關(guān)鍵區(qū)域的氨基酸序列。通常，可以使用生物信息學(xué)分析軟件如clustalx通過(guò)比較分析來(lái)確定關(guān)鍵區(qū)域的氨基酸序列。確定氨基酸序列后，根據(jù)meker-idlis (m-i) 理論設(shè)計(jì)反義肽文庫(kù)。此時(shí)，可以直接合成反義肽文庫(kù)用于肽篩選，或通過(guò)軟件 (Discovery Studio) 模擬獲得容量較小的肽文庫(kù)。這種篩選方法由于目標(biāo)明確，文庫(kù)容量小 (含10個(gè)氨基酸的文庫(kù)容量?jī)H為103個(gè))，更容易篩選目標(biāo)肽和確認(rèn)結(jié)構(gòu)。
篩選目標(biāo)肽后，可以構(gòu)建不同的肽庫(kù)，以確認(rèn)功能區(qū)并篩選更多的活性肽。
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